Entro le mura del nostro Castello, appena varcata la vecchia e solida Torre d’ingresso e dopo una breve e ripida salita, in un contesto ambientale caratterizzato dal silenzio e dal verde, si trova la Basilica di San Sebastiano, Chiesa della Corte dei Gonzaga di Castiglione delle Stiviere. A farla costruire nel 1576 è stato il padre di San Luigi, il marchese Ferrante Gonzaga, che l’ha voluta dedicare a San Sebastiano in ringraziamento per la scampata peste, piuttosto diffusa in quegli anni, e a ricordo della nascita del terzogenito Francesco. Si fregia del titolo di basilica minore, per avere ospitato la preziosa reliquia del Teschio di San Luigi. Certamente è uno scrigno prezioso di ricordi e testimonianze. La chiesa ha vissuto momenti di autentico splendore e di intensa vitalità soprattutto quando il Castello e la Rocca, dimora della famiglia Gonzaga, erano abitati e tali da sembrare un vero e proprio borgo nel contesto della realtà castiglionese.
E’ facile immaginare, ma lo confermano gli stessi storici e gli agiografi, che San Luigi sia stato un assiduo frequentatore della Chiesa di San Sebastiano e che qui si sia soffermato a lungo a pregare e meditare. Nella stessa, Rodolfo, succeduto al padre Ferrante nel governo del feudo, per la rinuncia del primogenito Luigi, faceva celebrare ogni giorno la santa messa, a cui partecipava sovente. Nel 1608 sempre nella Chiesa di San Sebastiano hanno pronunciato voto di castità le tre nipoti di San Luigi, Cinzia, Olimpia e Gridonia con un primo gruppo di donne castiglionesi dando vita all’istituzione del nobile Collegio delle Vergini di Gesù. Quando nel 1706 sia il Castello che la Rocca sono stati incendiati e rasi al suolo dalla truppe francesi è incominciato il lento e inesorabile declino della Chiesa, rimasta fortunatamente superstite alla drammatica e totale distruzione così come la Torre d’ingresso al castello.
Bisogna arrivare al 1780 per registrare ad opera dello storico Don Antonio Maria Nodari un periodo di ripresa e di rinnovato pubblico interesse per la Cappella Palatina, finalmente al centro di un primo intervento di recupero strutturale. Sulla facciata della stessa, proprio in questa occasione, vengono fatte murare due delle 4 lapidi con iscrizioni (oggi difficilmente leggibili) che abbellivano il basamento della statua di Francesco Gonzaga, innalzata dalla comunità locale nella piazzetta San Sebastiano in riconoscimento del suo buon governo. Nello scritto delle due lapidi sono messe in evidenza le qualità civili e umane del principe gonzaghesco. Un ulteriore radicale restauro della Chiesa viene attuato verso la fine dell’800 per conto della famiglia Amadei. Sulla facciata, a ricordo e testimonianza di questo avvenimento è stata affissa un’altra tavola marmorea. Più recentemente la Chiesa di San Sebastiano, che era nuovamente caduta nei degrado e nell’abbandono, per iniziativa del parroco emerito Don Marino Barbieri, è stata oggetto di un ennesimo recupero che l’ha riportata al primitivo splendore. Nell’occasione è stato consolidato il tetto, tinteggiato tutto l’interno e l’esterno, messo a norma l’impianto di illuminazione, installato un sistema moderno di sicurezza, pulitì e riordinati i banchi e tutto l’arredo ligneo: la bussola, la cantoria, il pulpito, la balaustra, le porte ed altro ancora.